Arcibiskupské gymnázium je školská právnická osoba. Jeho orgány jsou jednak ředitel školy, jednak rada ŠPO (zákon č. 561/2004 Sb., školský zákon, §§ 130-132). Tato rada má 3 členy a jejím předsedou je Mons. ThDr. Jan Balík, PhD., generální vikář Arcibiskupství pražského.

Při gymnáziu dále pracuje - v souladu se školským zákonem, §§ 167 a 168 - školská rada, která má 6 členů, z nichž jedna třetina je volena učiteli, jedna třetina zletilými žáky a zákonnými zástupci nezletilých žáků a jednu třetinu jmenuje zřizovatel. Předsedou školské rady je Ing. Beatrix Sviezeny.

Další rada, se kterou škola spolupracuje, je rada rodičů. 

Hlavní zdroj příjmů, státní dotaci, poskytuje škole MŠMT.

Arcibiskupské gymnázium bylo obnoveno v r. 1992 a volně navazuje na tradici předválečného AG, jež sídlilo od roku 1913 v Bubenči.